La Misión se encuentra en el distrito histórico de Recoleta, a 15 minutos en coche del aeropuerto internacional. La piscina de la azotea ofrece vistas panorámicas y todas las habitaciones disponen de conexión WiFi gratuita. Las habitaciones de La Misión Hotel Boutique tienen obras de arte en forma de cuadros y esculturas de piedra y de madera, así como cestería indígena que data de la era de las misiones jesuitas. El restaurante Paraquaria, en el hotel, sirve un desayuno buffet abundante y ofrece un menú internacional variado para almorzar y cenar.

Las habitaciones de La Misión presentan una decoración elegante que combina el estilo moderno y tradicional con un toque Guaraní. Están equipadas con aire acondicionado, baño privado y TV de plasma con canales por cable. Algunas de ellas cuentan con balcón con vistas panorámicas a Asunción.

El bar Mi Terruño, en el vestíbulo, ofrece aperitivos, zumos de fruta naturales y bebidas tropicales durante todo el día. El Hotel Boutique La Misión dispone además de un jardín con orquídeas y plantas exóticas. En la terraza de la azotea hay tumbonas y un jardín donde se celebran recitales de jazz durante los fines de semana.

La Misión Hotel Boutique tiene paneles solares para calentar el agua.

La Misión Boutique Hotel está a sólo 3 km del Mercado 4 y ofrece servicio de enlace con el aeropuerto y recorridos por la ciudad.